В соответствии с Форматом представления сведений в электронном виде, утвержденном Приказом ФНС России от 17.11.2010 N ММВ-7-3/611@, файл обмена информацией содержит реквизиты А (идентификатор получателя информации) и К (идентификатор конечного получателя).

В файле обмена в качестве конечного получателя (К) для организаций — крупнейших налогоплательщиков указывается налоговый орган по месту учета организации в качестве крупнейшего налогоплательщика, а для обособленных подразделений — налоговый орган по месту учета организации по соответствующему обособленному подразделению.

В этой связи при представлении сведений о доходах сотрудников обособленных подразделений в режиме «одного окна» в налоговый орган по месту учета организации в качестве крупнейшего налогоплательщика соответствующие сведения поступят в налоговый орган по месту нахождения обособленных подразделений. При этом отмечено, что организация вправе самостоятельно выбрать способ представления указанных сведений — непосредственно в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения либо в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика.

�?сточник: Письмо ФНС России от 26.12.2012 N ЕД-4-3/22280@
«По вопросу представления сведений о доходах физических лиц в отношении работников обособленных подразделений организациями, отнесенными к категории крупнейших налогоплательщиков»