До 1 января 2011 года между экспортерами и экспедиторами был отлажен механизм, позволяющий применять нулевую ставку НДС, что соответствовало общемировой практике взимания НДС по принципу страны назначения, и позволяло экономить значительные оборотные средства экспортера.
Для сохранения возможности применения нулевой ставки НДС, экспортерами совместно с экспедиторами на данный момент проводятся мероприятия по внесению изменений в договоры, на предмет соответствия работ (услуг), приобретаемых экспортерами, перечню услуг и видам договоров, указанным в новой редакции ст.164 НК РФ.
Насколько нам известно, возникают случаи, когда нововведенные нормы НК РФ истолковываются сторонами не единообразно, а виды работ (услуг), указанные в действующих договорах, по своей сути соответствуют, поименованным в перечне, но их наименование не идентично наименованиям, прописанным в перечне.
Таким образом, риск описанный вами возможен и уже встречается в практике хозяйственной дейтельности экспортеров и экспедиторов.