В соответствии с п. 3 ст. 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) применение упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате в том числе налога на доходы физических лиц (в отношении доходов, полученных от предпринимательской деятельности, за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным п. п. 2, 4 и 5 ст. 224 НК РФ).
В связи с этим имущественные налоговые вычеты, применяемые при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц в соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 220 НК РФ в виде фактически произведенных ими расходов на приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, уменьшать налоговую базу по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями, не должны.
Основание: Письмо Минфина России от 25.11.2013 № 03-11-11/50597